Bezpieczny podpis elektroniczny zwany także podpisem kwalifikowanym weryfikowany przy pomocy kwalifikowanego certyfikatu to odpowiednik podpisu odręcznego. Pozwala on na jednoznaczne wskazanie kwalifikowanego certyfikatu i osoby, która podpisała dokument. Dodatkowym atutem jest zapewnienie integralność danych, opatrzonych tym podpisem. Skutkiem czego, każda zmiana dokumentu po jego podpisaniu jest rozpoznawalna. Wymóg podpisywania faktur bezpiecznym podpisem elektronicznym nałożyło Rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 7 lipca 2005 roku.