Oznakowanie dokumentu kwalifikowanym znacznikiem czasu powoduje tzw. powstanie daty pewnej podpisywanego dokumentu. Pozwala to na jednoznaczne stwierdzenie daty podpisu, a także ważności podpisu w danym czasie. W praktyce pomaga to stwierdzić czy certyfikat kwalifikowany, którym podpisana została faktura był ważny w momencie składania podpisu (certyfikat ważny jest przez dwa lata, faktura w systemie przechowywana jest przez sześć lat ). Wszystkie elektroniczne faktury dostępne na portalu Moje Rachunki online poza podpisem elektronicznym posiadają kwalifikowany znacznik czasu.